Его площадь равна 455 кв. км, а глубина в отдельных участках достигает до 30 метров. Расположен водоём на территории Маркакольского природного заповедника.
Добраться до этого места непросто — по пути туристы пять раз преодолевают течение бурной реки «Жаман Кааба», а также живописный перевал. Горные уступы покрыты пихтовыми лиственничными лесами, около лугов и рек пейзажи дополняют стройные берёзы, осины и ели, но главная краса этих мест впереди, за субальпийскими лугами раскинулось чистое зеркало озёрной воды.
Маркаколь поражает путешественников сочетанием цветов — от голубого и синего в ясное время до серо-чёрного с отливом серебра, такими красками озеро окрашивается в периоды ухудшения погоды. Любопытно, что подобно Байкалу Маркаколь совершенно пресное и в этих озёрах даже обитают схожие виды рыб.
Любопытна история появления названия Маркаколь. По неофициальной версии в далёкие времена на берегу озера отец с сыном пасли овец, среди которых был и маленький ягнёнок-марка. Резвясь на сочной траве, он прибежал к роднику на водопой, однако внезапно его стало затягивать водой. Отец с сыном кое-как выручили ягнёнка из ловушки, но из того самого места начал бить мощный водный поток, пока не залил всё пастбище вместе с горной долиной. Так, согласно легенде, и появилось это озеро, которое получило название Маркаколь или «озеро зимнего ягненка».
Тем, кто ещё думает, ехать ли на Маркаколь, приводим слова известного путешественника и исследователем Алтая Николая Яблонского: «Более красивого горного озера я не видел нигде и никогда, а побывал я в жизни много где... В период моей жизни на Южном Алтае я несколько раз бывал на озере Маркаколь, — был на нем и весной, летом и глубокой осенью, и каждый раз захватывающе любовался им. Каждый раз мне так не хотелось уезжать отсюда домой»
